Jako výhoda certifikátů se často cituje transparentnost. Není to pravda. Investiční certifikáty jsou vysoce likvidní, ale ne transparentní. Transparentnost je u nich naopak nulová.
Tedy: Fondy oproti certifikátům - transparentnější (víme, kam portfolio manažer naše peníze zainvestoval), méně likvidní (obchody se zpožděním). Certifikáty oproti fondům - likvidnější (obchody do minuty), ale netransparentní (nevíme, co banka s našimi penězi dělá, pouze máme slib, že vyplatí výnos v návaznosti na podkladové aktivum).