Expres Vindobona začal jezdit mezi Berlínem, Prahou a Vídní v roce 1957. Od počátku se odlišoval od jiných vlaků svojí rychlostí, nasazením lehkých motorových jednotek a patřil mezi nemnoho přímých spojů, které překračovaly neproniknutelnou „železnou oponu“. Jednalo se o jeden z mála vlaků východní Evropy, který měl charakter luxusních západoevropských expresů TEE (TransEuropExpres). Od počátku provozu do roku 1979 se cestující setkali s různými typy souprav od německých předválečných motorových vlaků typu Hamburg a Leipzig, několika typů motorových jednotek tehdejších Československých státních drah (ČSD) až po rakouské vlaky označené „Blauer Blitz“ (Modrý blesk). Nejcharakterističtější soupravou pro Vindobonu se staly poslední motorové jednotky bývalých východoněmeckých železnic DR (viz fotografická příloha). Na tehdejších socialistických železnicích nabízely nebývalý komfort srovnatelný s vlaky západoněmeckých drah DB.
Motorové vlaky byly v roce 1979 nahrazeny klasickými soupravami z běžných rychlíkových vozů a lokomotiv. Těch se během jedné cesty mezi Berlínem a Vídní vystřídalo v některých obdobích téměř deset. V roce 1980 dokonce zajišťovala dopravu Vindobony přes česko-rakouskou hranici z Českých Velenic do Gmündu dokonce parní lokomotiva. Šlo tak o poslední expres v západní Evropě vedený parní lokomotivou. Situace se zlepšila až po „Sametové revoluci“, kdy se na Vindoboně objevily moderní klimatizované vozy a také výměn lokomotiv ubylo. V současné době je souprava EuroCity Vindobona sestavena z klimatizovaných vozů českých, rakouských a německý železnic. Vlak nabízí jídelní vůz s bistrem. I ve vozech 2. třídy mají cestující k dispozici elektrické zásuvky 230 V pro dobíjení notebooků nebo mobilních telefonů. Ve vlaku jsou také speciální místa pro vozíčkáře včetně bezbariérového WC a ve vlaku je možná také přeprava jízdních kol. Souprava na některých místech své trasy dosahuje až dvou set kilometrovou rychlost a v jejím čele se mezi Prahou a Vídní objevuje např. i jedna z nejmodernějších evropských lokomotiv Taurus. Tento typ je držitelem světového rychlostního rekordu elektrické lokomotivy s rychlostí 357 km/h (viz. fotografická příloha).
Vindobona jezdila od počátku provozu až do roku 1992 po trase Berlín – Drážďany – Praha – Tábor – Vídeň. Více než 700 kilometrů dlouhou trať projela v 70. letech za téměř 12 hodin průměrnou rychlostí okolo 60 km/h. V polovině 80. let se jízdní doba dokonce protáhla na téměř 13 hodin. Výrazněji se situace změnila až na počátku 90. let přesměrováním Vindobony na trasu Berlín – Praha – Brno – Vídeň. Přestože nová trasa byla s téměř 800 kilometry delší, doba jízdy klesla pod 10 hodin a průměrná rychlost se zvýšila na přibližně 80 km/h. V letošním roce jí cesta mezi Berlínem a Vídní trvá přibližně 9,5 hodiny s průměrnou rychlostí kolem 84 km/h, přitom na českém území jsou tyto hodnoty vyšší a Vindobona patří mezi nejrychlejší vlaky ČD. Celkem 440 kilometrů z Děčína do Břeclavi urazí za 4 hod. 56 min. rychlostí přibližně 90 km/h. Mezi Brnem a Břeclaví, kde je povolena maximální rychlost až 160 km/h, je průměr včetně rozjezdu, brždění a pomalé jízdy přes rozsáhlý areál brněnského a břeclavského nádraží dokonce 107 km/h.
Trasa Vindobony se během uplynulých 50 let také několikrát změnila. V Berlíně, Vídni i v Praze zajížděla postupně na několik různých nádraží, mezi Prahou a Vídní využívala 35 let trať přes Tábor, později přes Havlíčkův Brod a Brno a nyní přes Českou Třebovou a Brno. Od roku 2001 byla její trasa prodloužena na sever z Berlína do Hamburku. Od prosince letošního roku se pak stane mezistátním denním expresem sestaveným z klasických vozů s jednou z nejdelších tras v Evropě. Zajistí přímé spojení Hamburku, Berlína, Prahy, Brna, Vídně a jihorakouského Villachu po trati dlouhé přes 1 500 kilometrů. Tuto transkontinentální trať urazí za necelých 16 a půl hodiny.
Vindobona dnes zajišťuje moderní a rychlé spojení Prahy s Berlínem a Hamburkem na severu Evropy, Vídní a nově od prosince 2009 také Villachem v Rakousku. Cesta z Prahy do Berlína trvá přibližně 4 a půl hodiny, do Hamburku pak 6 a ¾ hodiny a do Vídně 4 a půl hodiny. Vlak je sestavený z moderních klimatizovaných vagónů a cestující si může vybrat mezi klasickými oddíly nebo velkoprostorovými vagóny. Vindobona je vybavena pro pohodlné cestování vozíčkářů a cyklistů. Ve spoji lze využít také výhodné jízdenky eTiket v ceně 19 Euro z Prahy do Vídně, 29 Euro z Prahy do Berlína nebo z Brna do Drážďan, 39 Euro z Brna do Berlína či z Prahy do Hamburku a 49 Euro z Brna do Hamburku.
Expres Vindobona je pojmenovaný latinským názvem rakouské metropole Vídně.
