Svou kariéru odstartoval Pavel Čejka v roce 1994 ve společnosti Arthur Andersen. Specializoval se zde na audit a poradenství pro finanční instituce v Praze a v regionu střední Evropy. V letech 2000–2003 působil v Československé obchodní bance jako výkonný ředitel pro finanční řízení. V roce 2003 nastoupil do Komerční banky jako ředitel pro Strategii a Finance a k 1. únoru 2006 byl jmenován finančním ředitelem (CFO) Komerční banky. V Komerční bance je také členem výboru ředitelů.
Pavel Čejka vystudoval Dopravní fakultu ČVUT se zaměřením na Management a Finance. Je členem britské Association of Chartered Certified Accountants a absolventem manažerských kurzů na Harvard Business School a University of Chicago.