Za nesoučinnost zaměstnavatelů při kontrole a při ohlašovacích povinnostech dále kontroloři ČSSZ uložili organizacím a malým organizacím celkem 1 228 pokut v celkové výši 5 371 900 korun. A nařídili 13 154 nápravných opatření směřujících k odstranění zjištěných nedostatků, z toho 10 652 v nemocenském pojištění a 2 502 v důchodovém pojištění.
Kontroly plnění povinností v oblasti sociálního zabezpečení provádělo v roce 2005 celkem 755 zaměstnanců ČSSZ ze všech 91 pracovišť v celé České republice. 133 900 kontrol bylo plánovaných, dalších 25 152 provedli kontroloři ČSSZ nad plán. V praxi to znamená, že ČSSZ v roce 2005 zkontrolovala víc než 61 % všech organizací a malých organizací.
Všechny organizace a malé organizace kontroluje ČSSZ v pravidelných dvouletých cyklech. A to proto, aby případné problémy odhalila co nejdříve a sjednala nápravu v okamžiku, kdy je ještě možná. Tedy například v situaci, kdy případný dluh na pojistném, který vznikl kvůli špatnému stanovení výše pojistného, je organizace a malá organizace ještě schopná doplatit. Plánované kontroly se tak zaměřují především na správné stanovení vyměřovacího základu, výpočet pojistného a na plnění povinností v oblasti nemocenského a důchodového pojištění. Například sledují, zda organizace a malé organizace správně vypočítávají a vyplácejí dávky nemocenského pojištění svým zaměstnancům. Neplánované kontroly zase souvisejí se vznikem organizace či malé organizace. Jejich účelem je zjistit a zároveň odstranit chyby, které vznikají kvůli neznalosti právních předpisů. Při ukončení činnosti organizace a malé organizace naopak probíhá tzv. kontrola likvidační.
V roce 2005 organizace a malé organizace nejčastěji chybovaly zejména kvůli neznalosti právních předpisů. Nejvíc porušení kontroloři zjistili:
- při placení pojistného – organizace a malé organizace chybně stanovily vyměřovací základ,
- při platbě nemocenského pojištění – kontrolované subjekty podávaly pozdě hlásily či odhlašovaly své zaměstnance k nemocenskému pojištění a často také nesprávné stanovovaly počty dnů v rozhodném období a denní vyměřovací základu pro výpočet výše dávky nemocenského pojištění.
K 31. 12. 2005 evidovala ČSSZ podle své účetní zprávy celkem 29 238 organizací nad 25 zaměstnanců s celkem 3 082 457 pojištěnci a 230 473 malých organizací, v kterých pracovalo 974 767 lidí.
