Od 11. prosince 2005 nabídnou České dráhy cestujícím nový jízdní řád, který v dálkové dopravě vychází z objednávky ministerstva dopravy a v regionální osobní dopravě z požadavků krajů. Vybrané dálkové spoje, např. SC Pendolino, EuroCity a InterCity a některé mezistátní rychlíky, jsou pak provozovány Českými drahami na základě podnikatelské činnosti bez veřejné objednávky.
Nový jízdní řád přináší nové velmi rychlé spojení Prahy, Pardubic, Olomouce a Ostravy vlaky pod produktovou značkou SC Pendolino. Půjde o první spoje v České republice, které v celé své trase překročí průměrnou rychlost 100 km/h. SC Pendolino má také další prvenství – je to první plně nekuřácký dálkový vlak v nových členských zemí EU. Nabídne cestujícím na trase Praha – Ostrava kvalitu cestování srovnatelnou s leteckou dopravou. Spoje budou dokonce provozovány ve spolupráci s ČSA jako „lety ve výši nula“ s návazností na další letecké spoje ČSA z letiště Praha – Ruzyně a vlastním označením číslem letu OK.
Nově budou zavedeny další mezinárodní vlaky. Z Prahy do slovinské Lublaně pojede nový spoj EC Jóže Plečnik s přípojem v Linci na vlak EC Transalpin Vídeň – Curych – Basilej a rychlík Zidani Most – Záhřeb. Novinkou je přímé noční spojení lehátkovým vozem do Benátek. Přímé noční lehátkové spojení do Curychu je nově doplněno o komfortní lůžkový vagón. Více spojů pojede také do SRN – přes Domažlice bude zaveden nový rychlík Praha – Norimberk, z Děčína do Bad Schandau budou nově denně jezdit 4 páry osobních vlaků a novinkou je také celotýdenní provoz rychlých osobních spojů na trase Liberec – Drážďany.
