Dne 1. ledna 2007 vstoupila v platnost nová organizační struktura eBanky. Kromě stávajících oblastí, kterými jsou CEO, Obchod, Marketing a produkty, Riziko, Provoz a IT a Finance zahrnuje nová organizační struktura také oblast Integrace.
Jednotlivé oblasti řídí tito výkonní ředitelé (resp. CEO): oblast CEO – Martin Kolouch (generální ředitel), Obchod – Mario Drosc, Marketing a produkty – Mario Drosc, Riziko – Alexandr Borecký, Provoz a IT – Igor Helekal, Finance – Martin Kolouch, Integrace – Lubor Žalman.
S účinností od 1. ledna 2007 se mění také složení představenstva eBanky:
- Lubor Žalman, předseda představenstva
- Martin Kolouch, místopředseda představenstva
- Mario Drosc, člen představenstva
- Igor Helekal, člen představenstva
- Alexandr Borecký, člen představenstva
Ke dni 31. prosince 2006 přestal vykonávat funkci výkonného ředitele oblasti Provoz a IT Jaroslav Kafka. Jaroslav Kafka pracuje v eBance od listopadu 1997 a patří tak k zakládajícím pracovníkům eBanky, která si během bezmála deseti let svého úspěšného fungování na trhu vydobyla status průkopníka internetového bankovnictví v České republice. Jaroslav Kafka eBanku definitivně opustí ke dni 31. ledna 2007.