Pluralitní systém umožňuje rozvoj kvality služeb, a to jak pro pojištěnce, tak pro poskytovatele zdravotní péče.
Provozní náklady zdravotních pojišťoven v ČR mají dlouhodobě sestupnou tendenci: z původních 12 %, přes 7 % bez investic, jsou v současné době na průměrné úrovni 3,2 % včetně investic. Jedná se o nejnižší provozní náklady zdravotních pojišťoven v Evropě.
Zaměstnanecké zdravotní pojišťovny (ZZP) – i přes postupné snižování legislativně určených nákladů na provoz zdravotních pojišťoven – posilují díky své efektivní činnosti ze svých provozních prostředků základní fond, tedy fond, určený pro úhrady zdravotní péče pojištěnců. V letech 2008 – 2010 činil celkový přesun ve prospěch pacientů-pojištěnců téměř 800 milionů Kč.
Další omezování provozních prostředků by však již ohrožovalo zajištění všech činností, které jsou ze zákona zdravotním pojišťovnám svěřeny.
Při řešení problematiky provozních nákladů zdravotních pojišťoven je vhodné zdůraznit především produktivitu zaměstnaneckých zdravotních pojišťoven, měřenou počtem pojištěnců připadajících na jednoho zaměstnance. ZZP mají tuto hodnotu vyšší než 1 650, což v porovnání s hodnotou, kterou vykazuje VZP, tedy necelých 1 350, ukazuje na vysokou efektivitu ZZP.
Za dobu fungování veřejného zdravotního pojištění vzrostl rozsah administrativních výkonů na základě úprav zákonů či našeho vstupu do EU o 30 %.
Celkem 87 % nákladů přímo souvisí s činnostmi zdravotní pojišťovny, které vyplývají ze zákonných a podzákonných norem – kontrola výběru pojistného, revizní činnost, smluvní politika, ekonomické operace, provoz IT, nutný servis pro pojištěnce, náklady na mezistátní vyúčtování zdravotní péče atd.
Zbylých 13 % nákladů má souvislost nepřímou – vzdělávání, procesy řízení kvality, informace pro zdravotnická zařízení a plátce pojistného, náklady na provoz Národního referenčního centra, dále pak odborné konference, investice, atd.