Air Bank má bankovní licenci vydanou Českou národní bankou, tudíž spadá pod pojistnou ochranu českého Fondu pojištění vkladů, který by zajišťoval případné vypořádání náhrad klientů při eventuálním krachu banky. Podle současného kurzu tak mohou být bez obav ze ztráty peněz fyzické i právnické osoby, které do banky uloží až 2,5 milionu korun.
Stejná pravidla platí i pro klienty Equa Bank, která svůj provoz spustila v září, ačkoliv u této banky došlo v podstatě jen ke změně jména, neboť dříve již fungovala na Českém trhu pod názvem Banco Popolare. Banka také na českém trhu působí na základě licence vydané ČNB.
V mírně odlišné situaci jsou klienti ZUNO Bank, která na území České republiky od července podniká jako pobočka rakouské banky ZUNO Bank AG. Případné vypořádání náhrad vkladů by tím pádem řešil rakouský systém pojištění vkladů. Vklady fyzických a právnických osob jsou ale v Rakousku stejně jako v Česku pojištěny v plné výši včetně úroků až do částky 100 tisíc eur. Výplata musí být zahájena do 20 pracovních dnů od chvíle, kdy orgán bankovního dohledu označí banku za insolventní.
