Správa Letiště Praha se začala na schengenský provoz připravovat již v r. 2002 při plánování výstavby nynějšího Terminálu 2. Ten zajišťuje, aby se spolu nepotkaly skupiny cestujících z prostoru Schengenu a Non-Schengenu. Příprava se týkala zejména provozu a bezpečnosti.
Viditelnou změnou je odstranění pasové kontroly při odletu nebo příletu na Terminál 2. Pasová kontrola na odletech z tohoto terminálu bude nahrazena jen kontrolou palubní vstupenky a totožnosti. Budou ji provádět zaměstnanci letiště. K tomu budou cestující potřebovat jakýkoli doklad totožnosti vydaný státní autoritou, ať už půjde o pas nebo občanský či řidičský průkaz. Druhou viditelnou změnou bude vytvoření nové pasové kontroly v prostoru mezi Terminálem 1 a Terminálem 2, která bude fungovat jako hranice schengenského prostoru.
V letní sezoně 2008 je pražské letiště ostatně propojeno nejvyšším počtem spojů právě s velkými schengenskými letišti – s Paříží, Amsterdamem a Frankfurtem. V Praze jsou pro schengenské lety určeny odlety z východů C 2 – C 21 a D 1 – D 6.
Pro non-schengenské lety, kde kontrola cestovních dokladů zůstává, je určen Terminál 1 a odlety se uskutečňují z východů A1 – A 8 a B1 – B 19. Pasovou kontrolu ve spojovací chodbě mezi Terminálem 1 a Terminálem 2 zabezpečuje Policie ČR. Proto ředitel pro Správu a rozvoj provozu Správy Letiště Praha Ing. Petr Hloušek upozorňuje: „Ti cestující, kteří budou z anebo na Letiště Praha cestovat ze zemí mimo schengenský prostor, se budou odbavovat stejným způsobem jako tomu bylo doposud.“
Koncept schengenského prostoru se vyvíjí od r. 1995 a devět posledních zemí k Schengenu přistoupilo v prosinci 2007. Správa Letiště Praha se na změny připravovala s velkým nasazením již v loňském roce, protože k přesunu bylo zapotřebí zejména koordinovat letištní sloty a kvalitně vyškolit všechny provozní složky, aby změna terminálu pro odbavení podle schengenských pravidel probíhala bezchybně. Současně došlo k přejmenování terminálů v celém areálu letiště, a proto vznikly názvy Terminál 1 až 4. Na to navazovala mimo jiné změna informačního systému (od informačních tabulí a orientačního značení v letištním areálu přes dopravní značení až po změny názvů zastávek městské hromadné dopravy), nové provozní postupy týkající se handlingových partnerů i Cizinecké policie či Celního úřadu, změny rezervačních systémů aerolinií nebo přemístění některých kanceláří a ticketingů leteckých společností.
