Luboš Černý pracoval v představenstvu banky 4 roky, z toho poslední 2 roky jako jeho předseda a generální ředitel. Provedl eBanku nelehkým tříletým obdobím hluboké transformace, na jehož konci v lednu 2005 začala eBanka stabilně generovat zisk. Následně dovedl banku v rámci prodejního procesu započatého na jaře 2006 k novému strategickému vlastníkovi.
Během jeho působení eBanka výrazně zlepšila své finanční i obchodní výsledky, udržela si technologický náskok v obsluze klientů a kvalitu svých produktů i služeb prokázala v řadě uznávaných soutěží (Nejdynamičtější banka roku 2004 a 2005, Účet roku 2005, Přímé bankovnictví roku 2004 v soutěži MasterCard Banka roku, Zlatá koruna 2005 v kategoriích Osobní účet, Přímé bankovnictví a Platební karty a další).
