Certifikace výdajů musí být provedena při každé souhrnné žádosti o prostředky, kterou Ministerstvo financí zasílá Evropské komisi. Cílem certifikace výdajů je zejména získání ujištění o tom, že nastavené řídící a kontrolní systémy zajišťují řádné finanční řízení a že jsou při implementaci dodržovány předpisy EU a ČR, vztahující se k poskytování pomoci z evropských fondů. Řádné fungování těchto systémů je nutnou podmínkou pro čerpání prostředků.
V současnosti probíhá externí audit připravenosti na čerpání prostředků ze SF a FS. Audit vykonává společnost PricewaterhouseCoopers a jeho účelem je ověření, že řídící a kontrolní systémy pro čerpání prostředků z fondů EU jsou nastaveny správně a efektivně a splňují požadavky legislativy EU a ČR. Audit byl zadán Ministerstvem financí a je hrazen z programu Phare.Výsledky auditu budou známy v září 2004. Vydání závěrečné zprávy však není podmínkou pro rozběhnutí implementace jednotlivých programů. Každý řídící orgán (tzn. věcně příslušné ministerstvo) musí důkladně zvážit a posoudit, zda je na rozběhnutí daného programu připraven. Konečné rozhodnutí, zda výdaje budou certifikovány a žádost odeslána Evropské komisi má Ministerstvo financí.
