Nejvíce červencovou dopravu na železnici komplikovaly krátké ale intenzivní bouře a vichřice, kdy docházelo k zatopení tratí nebo k pádům stromů na koleje. V některých případech šlo až o stovky stromů spadlých v krátkém čase na různých místech republiky. Například již 4. července zasáhla bouře Děčínsko na severu Čech. Rozvodněné řeky a popadané stromy si vynutily kvůli bezpečnosti cestujících krátkodobá přerušení provozu na několika tratích. Odřeknuto tak muselo být 26 osobních spojů, 16 vlaků bylo nahrazeno autobusy a dalších 45 spojů bylo zpožděno.
Největší komplikace však vyvolala bouře a vichřice v závěru měsíce 23. července. Během krátké doby došlo k přerušení tratí na 50 místech celé země. Ani pamětníci nepamatují tolik případů narušení provozu v tak krátkém časovém rozmezí. Stromy zatarasily jak hlavní, tak odklonové tratě. Řádění počasí tak způsobilo zrušení víc než 200 spojů a zdržení téměř 350 dalších vlaků.
Povětrnostní vlivy a další případy tzv. vyšší moci, např. sebevraždy nebo nehody, se podílely na zdržení vlaků z 26,4 %. Závady na infrastruktuře (poruchy na tratích, zabezpečovacího systému nebo napájení) se podílely z více než 40 %. Podíl zpoždění vlaků s odpovědností dopravce, tedy zpoždění které mohly ovlivnit České dráhy, konkrétně z důvodu závad zjištěných na vozech a lokomotivách, bylo v červenci méně než 8 %.
Celkově byl splněn jízdní řád osobní dopravy na 88,7 % a vlaků se zdržením nad 16 minut v celé republice za červenec bylo jen 3,56 %. V červenci bylo vypraveno 228 540 vlaků.
