O podobě regionální železniční dopravy rozhoduje objednávka kraje, která vychází z požadavků občanů a potřeb krajů na zajištění základní dopravní obslužnosti

S platností nového jízdního řádu může na některých tratích na základě požadavků krajských úřadů (neplatí to o většině tratí) dojít ke změnám provozování regionálních osobních vlaků. A to tak, že například na místech, kde železniční trať přechází z jednoho kraje do druhého, můžou vzniknout nová přestupní místa, kdy cestující jedoucí regionálním osobním vlakem z území jednoho kraje do druhého budou nově přestupovat.

Týká se to například trati Brno – Česká Třebová, která prochází územím Jihomoravského kraje a Pardubického kraje a cestující regionálních osobních vlaků jedoucí mezi oběma kraji budou nově přestupovat v Letovicích.

Taková změna v cestování regionálními osobními vlaky je vždy dána OBJEDNÁVKOU ZE STRANY JEDNOTLIVÝCH KRAJSKÝCH ÚŘADŮ A JEJICH PRIORITAMI, které považují za klíčové z hlediska dopravní obslužnosti. České dráhy o tomto nerozhodují – musejí se dle zákona řídit požadavky a objednávkou krajů.

Krajské úřady jsou přitom příjemci požadavků a podnětů ze strany občanů a obcí, jak má spojení regionálními osobními vlaky vypadat a svou objednávku sestavují na základě těchto podnětů a vlastních priorit.

Objednávka ze strany krajů pak respektuje to, zda je v daném regionu prioritní spádová doprava do jednotlivých center a krajských měst nebo naopak, zda klíčovou roli v regionální dopravě hraje tzv. mezikrajská přeprava (například na trati Hradec Králové – Pardubice).

Podobně funguje systém regionální dopravy i v zahraničí – například mezi spolkovými zeměmi v Rakousku.

České dráhy pak postupují tak, že s cílem zajištění funkčnosti celého dopravního systému minimalizují délku přestupních časů v nově vzniklých přestupních bodech a zasazují se o celkovou provázanost spojů objednaných jednotlivými krajskými úřady. Přestupní časy a návazné přípoje jsou tak v rozmezí do 5 minut. Rozhodující je ale objednávka kraje.

Současně je třeba konstatovat skutečnost, že tam, kde přestupní body na hranicích krajů nově vznikají se ve většině případů skutečně jedná o tratě s menšinovým podílem přepravy cestujících regionálními vlaky mezi jednotlivými kraji a naopak zde cestující využívají pro mezikrajské cestování dálkové rychlíkové spoje.