1) ne každý uživatel je ochoten svěřit číslo své platební karty přes Internet
2) při platbě kartou se na poplatku podílejí 3 subjekty: karetní organizace (VISA, Europay, Amex, DC, JCB,...), banka klienta (ta co vydala kartu), a banka obchodníka (ta co vlastní platební terminál, či jiným způsobem zprostředkovává platbu). To vše tlačí cenu platby kartou zbytečně vysoko a v případě některých druhů zboží s nízkou marží jí dělá nepoužitelnou.
U mikroplatebního systému lze snížit náklady a je tu tedy prostor pro snížení poplatků (samozřejmě záleží na daném subjektu (bance, nebo jiné společnosti, která mikroplatební systém provozuje) jak moc toho využije), popřípadě zcela poplatek eliminovat (banka bude profitovat právě z toho, že všichni účastníci daného systému u ní musí mít účet).
